1、原料，正山小种是一芽三叶，普洱茶完全开展；2、种类，前者是红茶，后者是绿茶或黑茶；3、工艺，前者会用松针熏制，后者仅少部分熏制；4、口感，前者醇滑甘甜，后者花蜜香甜；5、特性，前者有烟种特性更佳，后者越陈越香。
正山小种采用的原料是小叶种红茶的一芽三叶，普洱茶采用的是云南特有的大叶种晒青茶通过亚发酵的制法而成，并且根据制作工艺的不同，普洱茶还分为生普和熟普两种类型。
正山小种属于红茶，也是全发酵茶的一种，是小种红茶，普洱茶中生茶属于绿茶，不发酵茶，熟茶属于黑茶，后发酵茶，生茶和熟茶的原料都是选用云南大叶种茶树鲜叶。
正山小种在制作时，进行萎凋和烘焙的过程中，会使用松针或松柴进行烟熏，而普洱茶虽然沿袭了正山小种的制作工艺，但普洱茶只会在萎凋的过程中进行小部分的烟熏处理，干扰更少。
正山小种的口味以醇滑和甘甜为主，并且带有浓郁的松烟香味，普洱茶更适合经过陈化之后饮用，口感相比正山小种更为的甘甜，并且会有花蜜香气和陈香的出现，滋味浓醇，更为耐泡。
正山小种作为世界红茶的鼻祖，分为有烟种和无烟种，总体上以有烟种浓郁的松烟香气，桂圆汤味更为特性，普洱茶却可以越陈越香，随着时间的沉淀，陈茶的风味、口感都更加优异。
