目前，与绿茶和红茶相比，普洱茶的研究论文还较少。现在普洱茶的研究主要集中于种植、品质、香气、部分功效以及渥堆发酵的成分变化等领域。从以上的茶分类可以得知，由于工艺不同，不同茶类的功效也就产生较大的差别。
普洱茶最适合于调节机体的代谢，如降血脂、降血糖、降胆固醇以及抗肿瘤等。实际上，人体代谢的异常，尤其长期摄入高蛋白食物，是肿瘤发生的重要原因之一。现代生活的发展及饮食结构的改变，使人类的疾病图谱也发生了很大的改变，主要表现为由急病变为慢性病、高龄性疾病转变成青少年疾病、散发性疾病转变为群体性疾病。调查报告显示，目前，中国九成以上职业男士处于亚健康状态。美国T·柯林·坎贝尔博士为康奈尔大学终身教授，被誉为“世界营养学界的爱因斯坦”，他与中国科学家合作调查了中国的大部分县区，出版了《中国健康问题调查报告》。
书中列举的事实和研究结论令人震惊：动物蛋白能显著增加癌症、心脏病、糖尿病、多发性硬化病、肾结石、骨质疏松症、高血压，白内障和老年痴呆症等的患病几率。T·柯林·坎贝尔博士在书中提到印度科学家的一个实验，充分证明了高蛋白食物与肿瘤细胞生长的关系。两组老鼠分别喂养等量的黄曲霉素，并分别添加20%和5%的高蛋白，其中20%的高蛋白含量与老鼠的体重比相当于美国人食物中蛋白含量的比值。实验结果表明，添加20%高蛋白的老鼠都患肝癌，而添加5%蛋白的老鼠均未患肝癌。这个实验证明了在致癌因素存在的情况下，高蛋白是肿瘤细胞的促进剂。另外书中还列举了大量的实施和实验数据，证明了过量吃牛肉等高蛋白食物及小孩过量饮用牛奶是导致糖尿病的重要因素。
书中列举了Ⅱ型糖尿病年轻化趋势的部分原因是小孩过量饮用牛奶，导致体内产生对于牛血清的抗体，最后形成引起自身免疫反应，形成抗原抗体复合物，加速糖尿病的形成。《中国健康问题调查报告》也举例说明了通过调整饮食，多吃粗纤维素等食品、加强运动，使24名Ⅱ型糖尿病患者停止使用胰岛素的饮食治疗方法。国外科学家最近通过饮食干预证明了：适当调整饮食可以降低患Ⅱ型糖尿病的风险53%。这说明，一方面过度摄入高能量食物增加了很多现代人的慢性病的风险和概率，同时，所有这些疾病都可以通过调整膳食来进行控制和治疗。
有人不禁要问：为什么藏族、蒙古族人饮食是以牛羊肉和牛奶为主，却没有现代的很多慢性疾病？这两个民族一个共同的饮食习惯是必须喝奶茶、喝发酵的茶类，如普洱茶和黑茶。以内蒙为例，每个蒙古族人每天饮用的发酵茶约为50克左右。现有统计资料表明，生活在西藏和内蒙古的人癌症死亡率低于全国平均值。这恰恰说明了发酵茶对肿瘤细胞的抑制作用。2007年，中国科学院的王一伍研究员根据全国人口普查数据归纳了中国有五个长寿带，包括新疆、云南、广西、四川和广东，而云南的长寿带集中在普洱茶的发源地区；同时有资料表明，云南是全国癌症死亡率最低的地区，是最高的上海的六分之一，而普洱、临沧和版纳又是云南最低的地区。
我们通过实验进一步证明：在分子水平、细胞水平上，绿茶、红茶、普洱茶对同一种类的肿瘤细胞杀伤程度不同。这说明了不同工艺制作的茶类其抗癌功效也会产生差异，相同的茶类、不同的生产厂家生产的茶对肿瘤细胞的作用差异甚至达到7～8倍以上。
为了全面了解普洱茶的特殊功效，应该在以下几个领域重点开展研究：
一是渥堆发酵过程中微生物种类与茶叶成分变化和功效作用的关系。目前普洱茶的晒青、渥堆发酵基本上还是经验型操作，依靠天气的温湿度来调整发酵时间，靠经验人为判断发酵过程。尤其是不同发酵工艺中微生物变化以及微生物种类和作用的控制与茶叶成分变化的规律需要进行细致和严谨的科学研究，通过对微生物变化、成分变化与普洱茶功效变化的关系，建立普洱茶的质量控制标准和数字化的生产工艺。要确定渥堆发酵过程中温度、湿度、氧气、酸碱度与不同时期微生物繁殖的关系。
二是茶色素形成机理、茶色素精确检测方法以及茶色素分类的研究。茶色素是普洱茶及其它茶类的重要功能成分，目前人们对于茶色素的认识还不能揭示茶的重要生理功能。如茶褐素如何分类，每种茶褐素与细胞膜的结合能力，茶褐素与人体蛋白酶以及其它酶类的作用关系，茶褐素与蛋白、脂肪、胆固醇等物理、化学作用的关系等，都是值得研究的、与人体代谢疾病相关的重要课题。
三是不同类茶兴奋性研究。茶叶中咖啡碱是引起人兴奋的主要成分，而咖啡碱拮抗物、茶叶中安神以及类似物的研究是普洱茶的研究重要课题。因为熟普洱茶不影响睡眠是公认的事实，不影响睡眠的物质成分究竟是什么，目前没有科学的结论。绿茶中具有安神作用的茶氨酸含量约为2%作用，而在普洱茶中只含有0.02%；另外值得一提的是氨基丁酸，在不同工艺制备的普洱茶中含量差异较大，含量约为0.05%左右。因此，普洱茶中拮抗咖啡碱兴奋的作用成分有待进一步深入研究。
四是针对普洱茶的功效以及饮用普洱茶观察到的不适反应，设计科学的体验方案，开展3年以上的大规模人体体验，验证普洱茶的综合效果。
五是普洱茶调节人体综合代谢异常的研究。普洱茶具有降血糖、降血脂、降胆固醇等调节人体综合代谢的功能，其有效成分以及相互协同作用的关系需要不同专业的知识和研究团队加以合作开展研究。这些研究涉及较广的专业知识以及较多的科技资源，为此，云南省政府组织了数百名专家开展了相关的研究，这无疑会加快研究的进程，为早日解开普洱茶调节代谢的重要功能机理研究提供了组织和资金保障。
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